Os cronistas varatojanos não atinaram com a origem etimológica da sede deste seu convento. Que lhe viesse aquele nome duma vara ou viga de lagar, cortada de gigantesco tojo, criado na sua vetusta mata, em séculos afastados, é fantasia inverosímil, pois, como escreveu Frei Manuel de Maria Santíssima, graciosamente, tal gigante silvestre «não deixou tojos descendentes nem irmãos, capazes, na sua maior grossura, de servir não só para fueiros de carro, mas nem ainda para pequenas varas de que se valem e servem os pegureiros, quando apascentam e guardam o seu gado».
 Pinho Leal (T. X, Varatojo) aventa a seguinte plausível etimologia. Como, nos tempos anteriores ao seu primitivo povoamento, era um monte fértil em variedades de varas e tojo, os povos mais vizinhos lá iam buscar varas e tojo, e desse falar veio o Monte de Varatojo.
 Não começou o seu povoamento por gente humilde, mas por fidalgos que, naquela encosta, largamente desafogada das bandas do norte e noroeste, levantaram seus palácios para veranear, junto da nobre e muito antiga Vila de Torres Vedras, frequentada pelos nossos monarcas, que nela tinham o seu paço real desde o século treze. O mais antigo seria?não o afirmamos o possuído em 1470, por Luis Gonçalves, escudeiro do Rei de Aragão, e nesse ano vendido ao nosso monarca D. Afonso V para fundação do convento. Os marqueses de Cadaval ali tiveram moradia, cujas ruínas apontava Frei Manuel de Maria Santíssima no final do século dezoito. Os Andrades possuiam e habitavam, no meado do século dezasseis, a sua quinta e paço de Santa Margarida, convertido actualmente em quartéis de gente humilde, em roda do seu largo pátio, cujo portal de entrada e encimado pelo escudo de armas daquela família. Nesse paço se hospedaria, para veranear, o nosso célebre teólogo Diogo Paiva de Andrade (1528-1575), irmão de Álvaro Pires de Andrade, por então senhor desse paço; bem como o conhecido e louvado escritor místico, o Padre Frei Tomé de Jesus, Tomé de Andrade, no século Prior do Convento Agostiniano de Pena Firme (o antigo), ao norte da praia de Santa Cruz, em que escreveu o seu mais conhecido livro, Trabalhos de Jesus e outras obras.
    Destes Andrades era também a célebre poetisa, erudita em ciências filosóficas, Dona Isabel de Castro e Andrade (1530-1595), e naquele paço certamente se hospedava, quando vinha ao Convento defender as suas admiradas «Conclusões da Sagrada Teologia, Filosofia e Letras Humanas, não só com a admiração de Portugal, mas também das nações estranhas».
   Casou esta ilustre senhora?diz Frei Manuel de Maria Santíssima, de quem são as frases anteriores?com Fernando de Menezes, 4.° Senhor de Louriçal, a cujos descendentes passaria a quinta e paço de Santa Margarida, pois de sua posse estava o Marquês de Louriçal, no fim do século dezoito, diz o historiador do convento, supracitado.
Os Peres Henriques eram também gente de algo em Varatojo, no meado do mesmo século dezasseis. Filho de Álvaro Peres e de Dona Guiomar Henriques era o Padre Mestre Frei Manuel da Conceição, nascido em Varatojo em 1563, religioso graciano de Santo Agostinho, pregador dos reis Filipe I e II, teólogo de grande nomeada, convidado para dar lições de Teologia em Roma no Colégio De Sapientia.
    A inauguração do Convento, com a entrada da primeira comunidade em 4 de Outubro de 1474, começou de atrair para junto dele os convertidos a uma vida espiritual superior, pelas pregações dos Missionários Varatojanos e que no lugar de Varatojo ergueram confortáveis moradas. Subiam a 133, habitadas por quinhentas e oitenta e duas pessoas, no recenseamento de 1945. Em 1794 contava-lhe 60 fogos Frei Manuel de Maria Santíssima.

    Encerremos este capítulo com lembrar o nicho de Santo António no alto do monte, à entrada de Varatojo, levantado pelos antigos, para ser sentinela de guarda aos moradores de Varatojo. Era primitivamente um alpendre sobre quatro arcos, como ainda se percebe. Foram entaipados no século passado, dizem os velhos, ficando aberto o da frente com grade de ferro. Todos os anos o povo de Varatojo sobe até lá, durante os 13 dias precedentes à festa do seu Padroeiro, para celebrar com devota alegria a Trezena de Santo António. Vem de longe, dizem os antigos, esta devoção, que muitas vezes metia banda de música. São frequentes as promessas que fazem, e tem lâmpada acesa todas as noites. È desconhecida a antiguidade deste nicho antoniano. Apenas sabemos que existia no final do século dezoito, por se referir a ele Frei Manuel de Maria Santíssima.