Não consta que outras houvesse no concelho de Torres Vedras, anteriores a estas. Devem-se à iniciativa e esforços de dois regressos varatojanos ao convento, donde os expulsaram os liberais em 1833. Chamavam-se Padre Frei Joaquim do Espirito Santo e Padre Frei Agostinho da Anunciação. Mal chegados ao convento, por eles comprado em fins de 1860, inauguraram a comunidade em princípio de 1861, e neste mesmo ano abriram aula masculina de primeiras letras, numa sala dos claustros. Em 1866, já Frei Agostinho da Anunciação se refere aos meninos da escola de Varatojo, no testamento assinado nesse ano, e a eles deixava umas lembranças para serem distribuidas aos que assistissem às suas exéquias. Provável é que nesse ano já devia estar levantado o edifício escolar, muito desejado pelos religiosos, cuja solidão era perturbada pelo tropel dos escolares nos claustros. É o actual edifício, aumentado pela frente, aberta para o caminho público, em 1907, pelo superior do convento.
    Para educação feminina conseguiu o mesmo Frei Agostinho, auxiliado pelo Guardião do convento e seu particular. confidente, Frei Joaquim do Espirito Santo, levantar o edifício escolar para meninas nos anos de 1867 a 1870, ao alto do lugar, aumentado, um pouco mais tarde, para colégio de meninas intemas e extemas. Deu-lhe por patrono e titular, o de todas as suas instituições escolares, o Patriarca S. José. Teria sido o mesmo Frei Agostinho, ou Frei Joaquim, quem chamara para aquele benemérito colegiozinho as Irmãs Franciscanas Hospitaleiras. Em Maio de 1883, lá receberam elas a visita do Ministro Geral da Ordem Franciscana, Frei Bemardino do Porto Romatino, após a sua visita canónica aos religiosos do convento.
Da escola masculina foi seu primeiro professor e a dirigiu mais de 20 anos o Irmão leigo Frei Matias de Jesus Maria José ? Matias Gonçalves Barroqueiro, no século ? natural de Escalos de Baixo, do concelho de Castelo Branco. Faleceu na avançada idade de oitenta e sete anos, no convento dos franciscanos portugueses da Ramallosa, concelho do Gondomar da Galiza, em 1927. Sucedeu-lhe durante muitos anos o Irmão leigo Frei Joaquim de Jesus Maria ? Joaquim de Almeida no século ? natural de Paião, Figueira da Foz. Nos últimos dez anos da sua existência dirigiu-a o Irmão Frei Rufino com notável zelo e amor.
    As escolas de Varatojo ( a masculina e o colégio de S. José ) vieram em sucessivo progresso até Outubro de 1910. Neste ano foram extintas pelos republicanos que se apossaram dos seus edifícios.
    Nos quarenta e quatro anos anteriores, o lugar de Varatojo conquistou extensa nomeada de activo centro de cuidada instrução primária. A sua escola masculina, que chegou a matricular 162 alunos, e o colégio feminino eram frequentados por crianças vindas de todas as terras do concelho de Torres Vedras e de lugares mais afastados. Vinham do Livramento, do Turcifal, de S. Pedro da Cadeira, de Ponte do Rol, da Silveira e da Vila de Torres, pela manhãzinha, com a sacola dos livros e da merenda, regressavam, à tardinha, a suas casas, umas a pé e outras em jumentinho, que Ihe mandavam os pais. As de mais longe eram aposentadas em casas de senhoras por módicas mensalidades. Alguns desse tempo recordam a senhora Rita do Sobreiro e as senhoras Gonçalves. Naqueles anos, Varatojo com aquele vaivém de escolares, uns vindos enjericados, outros a pé, e com aquelas hospedarias de estudantinhos, tinha o aspecto duma universidadezinha juvenil, frequentada por uns duzentos alunos e alunas.
    Em 1955 a Câmara Municipal de Torres Vedras reparou o antigo edifício da escola masculina, e dividiu em duas salas o seu largo salão para facilitar a separação das classes. O edifício do colégio de S. José, propriedade, como ficou dito, da Irmandade de Santo António, ficou desabitado até 1955, pelo que sofreu vários estragos, neste mesmo ano reparados pela Comissão dos Melhoramentos de Varatojo, organizada neste mesmo ano, a qual a dita Irmandade cedeu o usofruto.
    Em 1995 a Câmara de Torres Vedras, por doação, passou a propriedade das Escolas para a Provincia Portuguesa da Ordem Franciscana. Em 1998 fez-se a restauração do edifício que vai servir para acolher grupos de reflexão.