Prolongou-se por meio século - 1861 a 1910 - a relativa tranquilidade dos religiosos varatojanos, apenas algum tanto perturbada com a dispersão das comunidades religiosas, imposta em decreto de dez de Março de 1901, que proibia a existência das associações religiosas, respeitando porém os bens delas. A comunidade de Varatojo recebeu a visita e intimação do Governador Civil em 28 de Abril, após as festas da Páscoa. Ficou no convento o Guardião com dois sacerdotes e os irmãos leigos e donatos em trajo de criados. No princípio de 1902 reorganizaram-se as comunidades, consideradas, pelo mesmo Governo, como membros da Associação Missionária Portuguesa, invenção do nosso superior provincial, Doutor Padre Frei João da Santíssima Trindade, cujos estatutos organizara e para eles conseguira a aprovação civil, dada em 18 de Outubro de 1901. Em Janeiro de 1902 já estava reunida a comunidade de Varatojo, e em 1904 o noviciado.
    Não se prolongou muito o sossego claustral. Durou apenas uns oito anos. Em 4 de Outubro de 1910 era proclamada a república portuguesa, que ressuscitou os decretos anticongreganistas de D. Pedro IV: a extinção de todas as ordens e congregações religiosas e expoliação de todos os seus bens. O decreto tem a data de 8 de Outubro de 1910. Devia de ser a primeira legislação daquela república liberal.
 A comunidade de Varatojo começou a dispersar em 7 de Outubro. Eram 8 sacerdotes, 5 irmãos leigos, 6 noviços e 5 donatos. Ficou, para entregar as chaves, o Vigário do convento, Padre David das Neves, com o irmão leigo Frei Bernardo de Almeida, acto que se efectivou no dia 11 às 17 horas.
    Não se conteve aquele Vigário na sua mágoa e protestou perante os representantes da autoridade civil, militar e judicial que se apresentaram. Seguiu-se o arrolamento de todo o recheio do edifício e da igreja e selagem das portas que davam entrada à casa e às suas dependências interiores.
    O convento de Varatojo, bem como os outros dos franciscanos portugueses, tinham desde 1901 proprietário particular, escolhido pelos superiores provinciais, a quem fizeram escritura de venda puramente legal. Como os demais proprietários, o de Varatojo reclamou judicialmente a cerca e o edifício, mas inutilmente. As autoridades republicanas converteram-no em asilo de idosos, com o nome de Asilo Latino Coelho, pouco depois de abandonado pelos expulsos religiosos.
 À sombra da lei, que permitia aos religiosos viver juntos em número não excedente a três, abriram residência três sacerdotes no lugar, servidos por irmãos leigos disfarçados em criados. Celebravam a missa e outros actos ministeriais em capela improvisada numa casa emprestada pelo benfeitor José Eduardo César e por fim na de uma senhora - a Senhora Morna - deixada mais tarde em testamento aos religiosos, em cuja posse continua. Logo após a exclaustração, cuidaram, por meio de pessoas amigas, de salvar a igreja e conseguiram que fosse considerada monumento nacional. E, para não retardar nela o culto, idearam e conseguiram criar a Irmandade de Santo António, cujos estatutos foram aprovados pela autoridade eclesiástica em 28 de Março de 1918 e nesse mês remetidos à autoridade administrativa civil para garantia da sua personalidade jurídica. Em 21 de Maio seguinte a mesma autoridade lhe entregava o templo, com suas dependências e objectos nelas contidos. A confraria tomou posse, por auto assinado em 12 de Junho desse ano, véspera da festa de Santo António.
    Em todos esses trabalhos teve iniciativa e principal actividade o franciscano P. José Pedro Ferreira, apaixonado zelador dos melhoramentos de Varatojo, ninho do seu nascimento. O povo levantou-lhe o seu busto em 4 de Outubro de 1953 num dos canteiros do largo fronteiro à portaria do convento.
    Os religiosos eram capelães da irmandade e reitores da igreja. Demorou 10 anos esta situação. Em 1928 - decreto de 15 de Outubro - o Governo da Nação cedia às Missões Franciscanas Portuguesas «o extinto convento de Varatojo e cerca anexa e todas as suas dependências, revertendo para a posse da Fazenda Pública, quando não tenham a aplicação a que foram destinados».
    A comunidade dos novos regressos estava constituída em fins de Outubro, com o curso de teologia, mudado de Tuy, Galiza, para onde os franciscanos se refugiaram em 1910. Em 1940, mais esclarecidas e consolidadas as relações entre o Estado Português e a Igreja com a assinatura da Concordata e do Acordo Missionário, acharam os franciscanos poderem trazer para Portugal os sectores de formação que ainda tinham na Galiza, estabelecendo no convento de Varatojo o Noviciado. O Estudantado de Teologia passou para o Seminário da Luz, na altura aberto em Lisboa.
    Assim, superadas aquelas perturbações ocasionais, o convento de Varatojo continua sendo o lar paterno para os filhos de S. Francisco em Portugal, unindo os de agora aos que, ao longo de quase oitocentos anos, encheram o país - e a sua história também - com a sua presença fraterna e benfazeja, desde que, em 1217, os primeiros chegaram a Alenquer. O aconchego das suas paredes e o vigor da sua tradição os ajuda no empenho de sempre mais e sempre de novo assimilar o espirito do Pobrezinho de Assis, para levarem depois aos outros o anúncio da Paz e do Bem!