Quem, vindo de Torres Vedras, desce o lugar de Varatojo, ou, deixando a estrada Torres - Santa Cruz, sobe por entre os campos ladeando o muro do convento pelo Nascente, chega a um pequeno largo em que se ergue o busto do P. Frei José Pedro Ferreira. Descendo depois o escadório que leva ao átrio da igreja, fica-lhe à direita a janelinha gótica donde, segundo a tradição, D. Afonso V, quando de retiro no convento, falava aos pobres e lhes distribuia esmolas.
 
O escadório é elegante e foi lançado pelo insigne benfeitor P. João Luis de Carvalho, natural da vila de Óbidos e, ao tempo, Beneficiário da Colegiada de Arruda dos Vinhos. Os azulejos que embelezam as testeiras dos seus dois lanços foram aí adaptados, vindos dum convento abandonado, depois de 1834. Já os admirou em 1875 Pinho Leal e lhe fez a seguinte referência: «Em 1834 uns malvados, tão infames como estúpidos, tiraram a picão os olhos de quase todas as figuras. O mesmo fizeram outros que tais naquele ano em outros muitos conventos e igrejas, até no da Graça em Lisboa». Isto se faz constar para que tal selvajaria não se atribua aos bons vizinhos do convento.
    Uma vez no átrio, passado um formoso portão de ferro forjado a fechar alto arco de pedra mármore encimado pelo nicho de Santo António, o visitante tem à sua esquerda a capela de Nossa Senhora do Sobreiro, de que se falará noutro lugar, e, à sua direita, o pórtico ogival que dá entrada para a igreja, encimado pela palavra «Silêncio».
 

De linhas elegantes e sóbrias, este pórtico é só o que resta do primitivo templo conventual de D. Afonso V, que terá ruido, por certo, como terramoto de 1531. Vêem-se à esquerda, embutidas na parede, as armas do rei fundador, sustentadas por dois anjos, e na parte direita um rodízio de tirar água, timbre das ditas armas, e predilecto de D. Afonso V, para significar que um monarca deve movimentar-se continuamente em serviço da nação. Mandou pintá-lo nas janelas e na abóbada do templo, no seu confessionário e no forro baixo das varandas do claustro, em cada um dos entrelaços do cordão franciscano, que ele estimava e usava quando se demorava com os frades varatojanos. Na moderna restauração das varandas - 1952-1953 - a Repartição dos Monumentos Nacionais avivou essa pintura pelos traços que restavam da antiga.
 

O novo templo ocupa o mesmo perímetro do antigo, aumentado, porém, com a actual capela-mor, obra, como ficou dito, da esposa de D. João III, a Rainha Dona Catarina, que foi regente do reino nos anos 1557-1578. Seria nestes anos que ela empreendeu essa benfeitoria, coadjuvada por Dona Guiomar Machado, esposa de D. Pedro de Castro, a qual para isso dera grande esmola, diz o cronista franciscano Frei Fernando da Soledade, que no-la dá sepultada junto do altar de Nossa Senhora da Conceição. Esta e outras sepulturas ficaram encobertas, com o actual pavimento da capela-mor e com a colocação da teia de mármore, obras do meado do século dezoito, trabalhadas por artistas, irmãos donatos do convento. Por estes irmãos ?  nomeadamente por Frei Rodrigo de Jesus, insigne mestre-canteiro ? foram trabalhadas as duas primorosas mesas de mármore preto fino que na sacristia servem de repositório para os cálices; bem como, da mesma pedra, os dois tocheiros em forma de ânfora, ainda ao serviço no presbitério da capela-mor; também as duas rendilhadas credências que ali encostam a uma e outra parede. 
    A capela-mor era reservada para sepultura das pessoas chegadas à família real. O seu levantamento, com o dos dois altares laterais ?o da Senhora da Conceição e o fronteiro a este, agora dedicado ao Coração de Jesus em substituição do Senhor Crucificado desde 1886?obrigaram o alteamento do tecto, em abóbada de tijolo, sustentada sobre nova parede interior, em sucessão de arcos.
    Posteriormente ergueram-se novos altares. A capela da Senhora das Dores, cujo altar e belíssimo relevo da Senhora foi doado por Dona Filipa de Noronha, filha do Marquês de Cascais. Numa inscrição, sobre o arco da capela aberto para o templo, lê-se o ano 1740. Eram estes os três altares laterais, à data do regresso dos Varatojanos ao convento em 1861. Entre 1885 e 1888 levantaram a capela que liga com a da Senhora das Dores. Na parede do arco, agora entrada para a capela, havia dois confessionários, entre os quais um quadro de azulejo que representava a boa confissão. Resolveram numerar os azulejos desse quadro para reproduzi-lo noutro sítio, mas não há memória da sua reprodução. Fronteiro a esta capela levantaram, na mesma data, o desgracioso altar da Senhora de Lurdes. Para tal, inutilizaram o quadro de azulejo que representava o Paraíso, o último dos quatro novíssimos do homem, reproduzidos em azulejos anteriores.
    Temos na igreja e na sua sacristia pedaços de arte - pinturas em tábua e azulejo e mosaicos - dignos da nossa atenção. Se entrarmos pela porta principal, chamam desde logo a nossa curiosidade os altos alizares das paredes da nave, que reproduzem, em largos painéis de azulejo, a começar pelo nosso lado direito, a confissão má do pecador, a sua morte, 0 seu juízo e inferno. Depois, a capela da Senhora das Dores, com delicados azulejos, cenas da paixão de Jesus e dois magníficos quadros em madeira, também alusivos à paixão.
    Toda a capela é um escrínio de arte portuguesa, desde o pavimento de mármore, trabalhado e colocado por dois canteiros do Convento em 1742 1743, até aos azulejos que revestem as paredes a meia altura a pegar com as molduras dos quadros pintados em tela, tudo culminando no maravilhoso retábulo que serve de fundo à imagem de singular beleza, em alto relevo, de Nossa Senhora das Dores. Adornavam o retábulo muitas e lindas imagens assentes em pequenas peanhas. Necessário, porém, foi recolhê-las, para evitar levassem descaminho, como com uma ou outra aconteceu. Sobre a banqueta, os cinco mártires de Marrocos, cuja heróica morte despertou a vocação do primeiro grande franciscano português, Santo António de Lisboa. Noutro lugar se falará de todo o conjunto formado pelos azulejos, quadros e retábulo, como composição espiritual e artística sobre o tema da capela: as Dores da Senhora.

    Lembremos, antes de deixar esta capela, a relíquia insigne de S. Benedito mártir, que se venera debaixo da mesa do altar, em urna de cristal. Corpo artisticamente composto em cera, a esconder as ossadas, e vestido com ricos brocados de seda. Ofereceu-a a Princesa de Portugal, Dona Isabel Maria (+ 1876), filha de D. João VI, ao varatojano Padre Frei Agostinho da Anunciação (1875) e ali foi colocada em 1870. Recebera-a aquela Princesa das mãos de Pio IX, por ocasião da última visita que aquela Princesa fizera à cidade eterna. 
    Seguem-se os dois altares laterais, antigos, de miudinha talha doirada e belos mosaicos, em mármore embutido, faceando as banquetas. E logo se entra na capela-mor, verdadeiro relicário de boa arte: quadros de azulejo, que reproduzem factos da vida do Padroeiro da casa, Santo António, e forram a parede até meia altura, e o resto dela até à cornija; belas pinturas em tábua do séc. XVI , resentando cenas da vida de Nossa Senhora, que o historiador do Convento, Frei Manuel de Maria Santíssima, com desculpável pretensão, atribui a Grão Vasco. Ao fundo, o imponente retábolo, em bem acabada talha dourada, e o quadro do amplo camarim, pintado em tela, que reproduz a entrega do Menino ao Santo pelas mãos da Mãe Santíssima, obra de Bracarelli, que para ali fora encomendado, diz Frei Manuel de Maria Santíssima, pelo Morgado da Torre de Giesteira, entre 1734 e 1737. Dá também na vista dos amantes da arte a larga banqueta da mesa do altar-mor, aberta em mosaico, a qual, a pouca distância, se nos afigura pintada; e as largas molduras de talha dourada que realçam os ditos quadros das paredes.