Se a visita começar - como habitualmente acontece - pela portaria do convento, é o claustro a primeira maravilha que surpreende e encanta o visitante. Um verdadeiro poema de beleza franciscana: a elegância e pequenez das colunas e a sobriedade dos arcos em ogiva, a harmonia e recato da galeria superior, o colorido de quatro grandes canteiros de flores, a luz que tudo inunda permitida pela humildade dos edifícios, o vôo e o chilrear das andorinhas que fazem ninho nos beirais, a «irmã glicínia», velha de séculos, rugosa e enlaçada nas colunas, como a lembrar o amor enternecido e teimoso dos frades ao seu convento, e que, quando florida, enche o ambiente dum ar festivo e perfumado... tudo isto cria uma atmosfera de paz, de simplicidade, e de harmonia.
    O claustro é em dois pisos. No forro do primeiro vai-se desenrolando e entrelaçando o cordão franciscano, formando losangos que emolduram o rodízio de tirar água, divisa do rei-fundador. No chão, pedras sepulcrais cujos números vão desaparecendo, polidos pelas sandálias dos frades ao longo dos séculos.
    Seguindo pela esquerda, logo a dois passos abre-se uma pequena sala cuja parede do fundo nos oferece, em toda a sua face, um quadro de Santo António em azulejo policromado do séc. XVI. A conservação do mesmo se deve à devoção dum humilde pedreiro que, contratado para o destruir pela sanha iconoclasta de 1910, o escondeu com uma parede falsa. Revelado mais tarde o segredo, foi a parede desfeita e a imagem do Santo Padroeiro voltou ao convívio dos homens. 
    Continuando no mesmo sentido, deixa-se primeiro uma porta que dá para a escada de acesso ao corredor mais antigo do convento; depois, outra que abre para a mata; e, voltando à direita, ao fundo, no ângulo oposto ao da entrada, damos com os olhos num arco policêntrico, em belo estilo manuelino. Passando por debaixo dele e abrindo a porta fronteira, encontramos outro arco abatido, do mesmo estilo, urdido com figurinhas delicadamente estilizadas, e encostado à parede, onde formava caixilho ao retábulo do Senhor Jesus Crucificado que ali existiu. Era a capela-jazigo dos Alcaides-Mores de Torres Vedras. Ocupava todo o espaço desde o primeiro arco até ao altar reduzido, desde 1903-1906, pela construção da escada que leva à hospedaria. Ao tempo de Frei Manuel de Maria Santíssima (1797) já estava transformada em «Sala de aula».
 A lápide funerária encostada à parede onde foi o altar, estava, diz aquele historiador, embutida na parede. Finge um pergaminho enrugado, toda em letra gótica de fácil decifração, que diz assim:
 

    Nesta campa repousa o corpo do magnífico senhor Gomes Soares foi do concelho d'El-Rei D. Afonso Quinto e d'EI-Rei D. João e d'EI-Rei D. Manuel muito estimado vassalo d'EI-Rei em todos os seus serviços, assim nos serviços de guerra como nos serviços de paz e por não ter filho varão ficou por sua herdeira sua filha D. Margarida Soares e houve para ela esta fortaleza de Torres Vedras de juro e herdade e junto com ele jaz D. Filipa de Castro sua mulher e finou-se era de mil e quinhentos e...

    A inscrição gótica termina assim. A data do falecimento ficou suspensa, certamente porque fora a lápide gravada e colocada em vida do ilustre fidalgo, Dom Gomes Soares de Albergaria e Melo. O dia. mês e ano da sua entrada ali os seus gravariam. O que não executaram.
    No pavimento da capela?diz Frei Manuel de Maria Santíssima ?junto à sepultura do ilustre Dom Gomes, estava outra Pedra com este epitáfio:

Passado o trabalho da vida dormem em sono perpétuo D. João de Alarcão. Castelhano, genro de Dom Gomes Soares, dos ilustríssimos senhores de Valverde, duques do Infantado, e com ele seu filho, neto e bisneto, D. Martinho, D. João e D. Martinho Soares, segundo deste nome.

Imediatamente na sepultura seguinte se diz:
 

    Aqui descansam as cristianíssimas senhoras D. Margarida de Castro, filha de D. Gomes Soares, D. Violante Coutinho filha do Capitão dos nobres Cavaleiros da Guarda, chamada dos Ginetes, e D. Isabel de Castro, filha do Barão de Alvito.

    Continuando pelo corredor fronteiro a esta capela dos Alcaides de Torres Vedras, abre-se um pouco adiante, à esquerda, a Sala do Capítulo, cujas paredes estão revestidas de belo silhar de albarradas, do séc. XVIII e de quadros de figuras ilustres que viveram no convento. Entre estas, pela sua influência na história do mesmo, é de apontar a de Frei António das Chagas, ao fundo, à esquerda. Seus restos mortais repousam sob uma lage tumular ao centro da sala:

Aqui descansam as cinzas do Venerável Padre Frei António das Chagas Missionário Apostólico e Instituidor deste Semináno. Faleceu em 20 de Outubro de 1682.
 

Aos pés desta estende-se outra que tem escrito:

    Aqui descansam os ossos do Reverendo Padre Fr. Joaquim do Espirito Santo Missionário Apostólico e Restaurador deste Seminário em Janeiro de 1861. Faleceu na cidade de Santarém em 3 de Agosto de 1878.

    Em frente desta sala, enlaçado numa coluna, o rugoso tronco da velha glicínia de que já fizemos menção. Dai, olhando em frente, sobre o pavilhão mais antigo do convento, um velho relógio de bater horas recorda o primitivo encomendado por D. Afonso V entre os primeiros 10 que seu inventor fabricou, o irmão leigo do convento franciscano de Leça de Palmeira, Frei João da Comenda. O actual torreão, onde se mostra o relógio, data de meados do séc. XVIII, de quando, sobre o corredor de D. Afonso V, se levantou o segundo piso ou «Corredor do Noviciado».
 Finalmente, no ângulo à esquerda, uma porta que dá para um corredor que tem em frente a escada que leva ao segundo piso do claustro, à direita a porta para a capela-mor da igreja e, à esquerda, a porta para a sacristia. Uns passos mais dentro, à direita, uma porta à guisa de armário, esconde vestígios toscos de arco gótico que seria certamente uma porta da igreja primitiva. A Sacristia é um amplo e alto salão, com rico arcaz e duas pinturas em tábua do séc. XVI: um quadro de Santo António com o milagre da Eucaristia e a descida do Divino Espirito Santo sobre Maria e os Apóstolos; e ainda uma terceira, também em tábua, representando o evangelista S. Lucas. As paredes são recobertas de bons azulejos setecentistas, dos quais, se falara noutro capítulo.
   De grande intimidade é o segundo piso do claustro, com seu tecto arquitravado e pousado sobre graciosas colunas, a formar galeria de singela beleza. Num dos ângulos, um lanço de escada leva ao coro da igreja conventual, onde os Irmãos se reunem algumas vezes ao dia para a oração comunitária. Nele, de admirar seus típicos e já carcomidos cadeirais, com um grande e rico crucifixo do séc. XVIII, em frente, aconchegado em formoso oratório. É obra do insigne escultor de Lisboa, Manuel Dias «que - acrescenta Frei Manuel de Maria Santíssima - também trabalhou sete imagens do Santo Cristo Crucificado que servem para os missionários quando se acham em missão. Do autor se diz que, depois de abertas e debastadas as imagens, as trabalhava de joelhos para as aperfeiçoar».